新型コロナウイルス感染症治療薬の開発を後押しするスパコンの開発に参画いたしました
インテグランは理化学研究所、生命機能科学研究センター計算分子設計研究チームが開発した分子動力学(MD)[1]シミュレーション専用計算機「MDGRAPE-4A[2]」のシステム設計、製造に携わりしました。
理化学研究所生命機能科学研究センター計算分子設計研究チームは「MDGRAPE 4A」を用いて新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の構造動態のシミュレートを実施し、世界の創薬研究者に自由に利用してもらうため、生データを一般公開しております。
創薬専用スパコンの開発
https://www.riken.jp/press/2019/20191118_2/index.html
新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)メインプロテアーゼの
分子動力学シミュレーションデータを公開
https://www.riken.jp/press/2020/20200323_2/index.html
1.分子動力学(MD)
原子間に働く力を計算し、運動方程式を繰り返し解くことで、分子の動きを追跡する方法。分子動力学法の基礎の開発について、2013年のノーベル化学賞が授与されている。MDはMolecular Dynamicsの略。
2.MDGRAPE-4A
1990年より開発が進められている天文学分野での重力(GRAvity)多体問題の計算に特化した専用計算機GRAPE(GRAvity PipE、重力パイプライン)の、分子動力学(Molecular Dynamics: MD)バージョン。MDGRAPE-4Aはその5作目に当たる。なお、MDGRAPE-3は高性能計算科学の賞であるゴードンベル賞を受賞している(2006年)。